Вице-премьер правительства РФ Виталий Мутко раскритиковал экономическую модель ФК «Балтика». «Вот у "Балтики" есть современный стадион в Калининграде, но экономики у клуба нет. Никакой, ну ноль», — цитирует чиновника портал «Спорт уик-энд». Вице-премьер также критично отозвался о планах расширения формата РПЛ до 18 клубов, отметив, что делать это нужно, когда «созреет экономическое положение». «Надо двигаться в сторону самоокупаемости, надо идти по этому пути. Вы хотите опять вернуть "Анжи" в РПЛ, который без экономики, или что вы хотите? К юбилеям раньше количество команд еще увеличивали. Надо спокойно к этому относиться», — пояснил он.

В 2017 году Виталий Мутко ставил калининградскую «Балтику» в пример остальным клубам, выступающим за города, которые принимали матчи ЧМ-2018, и даже выражал надежду на то, что клуб выйдет в Высший дивизион в ближайшее время. Мутко также отмечал, что ему нравится тогдашний тренер «Балтики» Игорь Черевченко.

Сезон 2018–2019 калининградская команда окончила в зоне вылета. По ходу сезона региональные власти признавали, что клуб находится в тяжелом финансовом положении. В мае прошлого года стало известно, что клуб не будет продлевать контракт с Игорем Черевченко, при котором «Балтика» окончила сезон на пятом месте. В декабре 2018 года из клуба был уволен гендиректор Теймураз Лепсая. Его место занял экс-гендиректор ФК «Химки» Тажутдин Качукаев Несмотря на то что «Балтика» окончила сезон в зоне вылета, с новым руководством было решено продлить контракты еще на год.