Спустя 5 лет военные училища начали выводить обратно из состава ВУНЦ.
Высшие военные учебные заведения начали выводить из состава Военного учебно-научного центра Военно-морского флота "Военно-морская академия имени Адмирала Флота Советского Союза Н.Г.Кузнецова" (ВУНЦ ВМФ ВМА) созданного в 2009 году. Согласно информации из опубликованного на сайте Министерства обороны документа, специально созданная комиссия одобрила предложение Главнокомандующего ВМФ РФ Виктора Чиркова о реорганизации ВУНЦ и выводе из его состава двух ВУЗов.
28 марта 2014 года, комиссия, созданная приказом Министра обороны Российской Федерации 2014 года № 182, дала положительное заключение о возможности реорганизации ВУНЦ ВМФ ВМА, а уже 8 мая 2014 премьер-министр РФ Дмитрий Медведев подписал постановление о выводе из его состава Тихоокеанского высшего военно-морского училища имени С.О. Макарова (ТОВВМУ).
По информации, опубликованной на сайте Правительства, реорганизация военной академии позволит:
- повысить эффективность работы системы военно-морского образования, поскольку управление образовательными учреждениями будет осуществляться непосредственно главнокомандующим Военно-Морским Флотом, минуя звено "военная академия – филиал".
- более динамично развиваться военному училищу за счёт получения самостоятельности, прежде всего в вопросах обеспечения элементами учебно-материальной базы, финансовой, штатной и кадровой политики, организации повседневной деятельности.
- повысить эффективность управления подготовкой военных кадров, улучшить материально-техническое обеспечение образовательного процесса и контроль за качеством подготовки выпускников вузов со стороны заказчиков подготовки военных кадров.
Кроме ТОВВМУ, из состава ВУНЦ ВМФ ВМА должно быть выведено Балтийское высшее военно-морское училище имени адмирала Ф.Ф.Ушакова (ВВМУ, Калининград). По словам собственного источника Центрального Военно-Морского Портала (ЦВМП), знакомого с ситуацией в учебном заведении, это должно произойти 1 сентября 2014 года. Собеседник ЦВМП пояснил, что ожидать резкого улучшения качества образования после реорганизации не стоит. "У нас недавно прошла проверка, по результатам которой был отмечен высокий уровень подготовки военных моряков. В этом плане все останется без изменений. А вот на улучшение технического оснащения учебного заведения рассчитывать можно", - отметил представитель училища.
Также реорганизации могут быть подвергнуты академии связи, общевойсковая, материально-технического обеспечения, войск стратегического назначения, военно-воздушная, военно-космическая и военно-медицинская.
ВУНЦ ВМФ ВМА создан 15 июля 2009 года по распоряжению Правительства Российской Федерации № 1951-р от 24 декабря 2008 года в целях совершенствования системы подготовки специалистов для Вооруженных сил Российской Федерации и оптимизации сети военных образовательных учреждений Минобороны России. В состав ВУНЦ ВМФ "ВМА" вошли: Высшие специальные офицерские классы ВМФ, Морской корпус Петра Великого - Санкт-Петербургский военно-морской институт, Военно-морской инженерный институт, Военно-морской институт радиоэлектроники, Балтийский военно-морской институт и Тихоокеанский ВМИ, Нахимовское военно-морское училище и Кронштадтский морской кадетский корпус. Научный блок ВУНЦ ВМФ представляют 1-й и 24-й Центральные НИИ МО РФ, 40-й Государственный НИИ МО РФ. Всего в ВУНЦ флота входит входит 12 учебных и научных учреждений. Управление ВУНЦ ВМФ сформировано на базе "Военно-морской академии имени имени Адмирала Флота Советского Союза Н.Г. Кузнецова".