Ежегодный собственный комплексный рейтинг ведущих российских вузов по итогам федеральной стипендиальной программы в 2008-09 учебном году составил Благотворительный фонд Владимира Потанина. Его особенностью является то, что в качестве критериев оценки вузов берутся интеллектуальный и личностный потенциал студентов-отличников и профессиональный уровень лучших молодых преподавателей. Федеральная стипендиальная программа охватывает 11 московских и 56 ведущих государственных университетов из всех федеральных округов.
Каждый вуз был проранжирован в соответствии с этими весами критериев, и его итоговое место в рейтинге определялось по общей сумме оценок.
Самые высокие преподавательские баллы оказались у Уральского государственный университет, Воронежского государственного университета, Владивостокского государственного университета экономики и сервиса, Московской сельскохозяйственной академии им. Тимирязева;
Московского государственного института международных отношений (Университета) МИД РФ.
В рейтинге также представлены Российский государственный педагогический университет им. А.И. Герцена (44 место), Петрозаводский государственный университет (47 место), Российский государственный университет им. Иммануила Канта, Калининград (49 место), Новгородский государственный университет им. Ярослава Мудрого (56 место).