В ходе реформы Калининградской железной дороги как филиала ОАО "РЖД"№ уже в 2010 году не будет. На ее базе планируется создать ряд юридических самостоятельных дирекций (движения, сбыта, тяги и инфраструктуры), подчиненных по вертикали. Также уже в ходе реформы самого ОАО "РЖД" планируется создать семь (по числу федеральных округов) центров управления перевозочными процессами, возможно и базе КЖД будет создан восьмой центр. Пока этот вопрос не решен окончательно.