ГАУ «Калининградский государственный научно-исследовательский центр информационной и технической безопасности» возглавил Игорь Востропятов — ранее он работал начальником департамента цифровых технологий и электронного правительства регионального минцифры в статусе заместителя министра. 

С декабря 2020 года «КГ НИЦ» в статусе исполняющего обязанности директора возглавлял первый заместитель директора Андрей Персичкин. 

В марте 2018 года – феврале 2019 года и в августе – декабре 2020 года центр возглавлял Сергей Чуприс. В декабре 2019 года сообщалось, что Сергей Чуприс отделался судебным штрафом, а производство по уголовному делу в отношении него было прекращено. Чупрису было предъявлено обвинение в совершении преступления, предусмотренного ч. 1 ст. 292 УК РФ (служебный подлог).