Представители различных экологических движений России выпустили брошюру, в которой рассказывается о нарушениях, выявленных во время строительства новых российских атомных станций. Большой раздел этой брошюры посвящён Балтийской АЭС.
Авторы раздела, лидеры общественной организации «Экозащита» Владимир Сливяк и Александра Королёва, утверждают, что строительство Балтийской АЭС ведётся с серьёзными нарушениями.

Оседать в «Росатоме»
Например, критикуя выбранное властями место под строительство атомной станции, экологи приводят находящиеся в открытом доступе данные о том, что в этом месте очень близко к поверхности залегают грунтовые воды, которые в некоторых местах выходят на поверхность. Обращая внимание общественности на то, что над станцией проходит воздушный коридор, экологи ссылаются на слова разработчиков проекта АЭС о том, что реактор Балтийской АЭС не выдержит прямого попадания пассажирского лайнера.
По мнению экологов, которые опираются в своих выводах на утверждения разработчиков проекта АЭС, реактор ВВЭР-1200, разработанный на основе советских технологий, не может считаться безопасным: «Крупная авария на этом реакторе не может быть исключена полностью».
В официальной «Оценке воздействия на окружающую среду» говорится, что ядерные отходы, образующиеся при работе станции, планируется вывозить из области. Но в России, по мнению экологов, нет предприятия, способного их перерабатывать.
По планам правительства все потребности области в электроэнергии будут закрыты в 2013 году. Балтийская АЭС должна будет вступить в строй не ранее 2016 года. То есть станция принесёт населению области лишь риски радиоактивных выбросов и проблемы с отработанным ядерным топливом, потому что электроэнергию планируется поставлять на экспорт, прибыль от которого будет оседать в «Росатоме».
Экологи критикуют утверждения о том, что строительство АЭС позволит снизить уровень безработицы в области, и в Неманском районе в частности.
Строительство станции однозначно приведёт к сокращению сельскохозяйственных объектов вблизи АЭС в Неманском районе. Жители района, сегодня занятые в сельском хозяйстве, не будучи квалифицированными специалистами-атомщиками, вряд ли смогут найти себе работу на станции.
Вызывают большие сомнения слова сторонников проекта атомной станции в Калининградской области о том, что выработанная на БАЭС электроэнергия будет покупаться странами Евросоюза.
В самом начале строительства БАЭС «Дворник» запросил департаменты и министерства Литвы и Польши, будут ли они закупать электроэнергию с Балтийской АЭС. В дипломатичных ответах официальные лица сообщили, что покупка электроэнергии из России не планируется и что страны Евросоюза заинтересованы во вложении средств в собственные энергетические системы.

Атомный ПИАР
Представители экологических организаций отмечают применение административного ресурса в лоббировании строительства атомной станции. Например, во время общественных слушаний по строительству Балтийской АЭС, проходивших в Немане, зал за час до начала был битком забит слушателями. Далее экологи пишут в своей брошюре: «При расспросах оказалось, что около 500 человек были доставлены властями на слушания организованно прямо с места работы. Принудительные «участники» слушаний получили ясное указание занимать все свободные места и не впускать оппонентов строительства». Экологи утверждают, что милиция получила указания выводить из зала всех, для кого не оказалось места и кто пытался устроиться на ступеньках. В результате около 200 человек в зал допущены не были и вынуждены были «участвовать в слушаниях» стоя перед закрытыми дверями.
Другая «странная» история связана с публикацией «Оценки воздействия на окружающую среду» Балтийской АЭС. Общий объём этого документа – 180 страниц. Однако на сайте «Росатома» была размещена «сокращённая версия» объёмом 11 страниц. По версии представителя «Росатома», закон не предусматривает ознакомления с «Оценкой воздействия» в полном объёме. Экологи отмечают, что представители региональных властей и «Росатома» не дали прямых ответов на многие вопросы, прозвучавшие во время обсуждений и «круглых столов». Например, на вопрос «А куда нас будут эвакуировать в случае аварии?»
ДВ

Точное местоположение Балтийской атомной станции на официальном блоге БАЭС скрывается (http://www.blogi.rosatom.ru/baltaes/about-aes/location). На том же блоге график строительства БАЭС подменён мультипликационной компьютерной анимацией со следующими диалогами фигурок в стиле конструкторов «Лего»:
1) «С постройкой станции не должно быть никаких задержек», - говорит одна фигурка. «Конечно, ведь у меня скоро отпуск. Мы должны уложиться к этому сроку», - отвечает ей фигурка в спецовке.
2) «Столько людей ждут, когда же мы дадим им электричество - надо поторопиться!» - «Да нужно поспешить! Мне уже звонила тёща и сказала, что ей не на чем варить пельмени».
3) «Только что приезжал директор зоопарка». - «Они ждут нашей энергии?» - «Конечно! А то у них бегемот совсем замерзает без отопления».
4) «Только что приезжал директор фабрики ёлочных игрушек» - «Они ждут нашей энергии?» - «Конечно! Иначе они не успеют к Новому году сделать подарки по заказу Деда Мороза».
5) «Столько людей ждут, когда же мы дадим им электричество, - надо поторопиться!» - «Да, нужно поспешить! Мне уже звонила бабушка и жаловалась, что ей не на чем поджарить блинчики».
6) «Надо скорей запускать электростанцию. Надо, чтоб в дома пошёл свет». - «Ещё бы! У меня уже кончились батарейки в фонарике, а ведь скоро стемнеет».
7) «Только что приезжал директор театра». - «Они ждут нашей энергии?» - «Конечно! Иначе они не успеют подготовиться к премьере».
При этом согласно данным «Росатома», всю электроэнергию от БАЭС планируется поставлять на экспорт. Запросов ни от какой из стран или компаний на поставку электроэнергии на данный момент не существует.