В 2019 году футбольный клуб «Балтика» получил из бюджета Калининградской области 303,80 млн руб. Такие данные приводятся в пояснительной записке министерства финансов к отчету об исполнении регионального бюджета.

Субсидии были направлены на формирование и подготовку команды для участия в Футбольной национальной лиге. Кроме того, 67,6 млн рублей из областной казны получил и Центр подготовки молодых футболистов «Балтики». Из них 46,50 млн рублей направили на содержание 5 объектов спортивной инфраструктуры, 21,12 — на развитие молодежного футбола.

Как сообщал РБК Калининград, в прошлом году финансирование футбольной команды увеличилось по сравнению с 2018 годом с 80 до 100 млн рублей. Депутат облдумы Евгений Мишин отмечал, что за счет роста материальной поддержки области клуб сможет покрыть часть имеющихся на тот момент задолженностей.

О нехватке денег в клубе стало известно в ноябре 2017 года. Тогда «Балтика» испытывала трудности с выплатой долгов по зарплатам футболистам. В течение месяца руководство клуба погасило долги перед игроками. Тимур Лепсая, исполнявший на тот момент обязанности генерального директора, рассказал, что ФК находится в поиске титульного спонсора. В июне 2018 года им стало АО «Калининградский янтарный комбинат». В июне 2019 года контракт истек и ФК «Балтика» на полгода осталась без спонсора. В апреле 2020 года «Янтарный комбинат» вновь стал титульным спонсором клуба. Предприятие планирует до 31 октября выделить команде 85 млн рублей спонсорской помощи.