Официальная дата рождения УФСБ по Калининградской области 13 сентября 1946. Именно в этот день был подписан приказ об образовании УМГБ по Калининградской области. Кадровой и материальной базой для него послужила оперативная группа МГБ СССР по Кенигсбергской области, которая в свою очередь ведет историю от структур аппарата уполномоченного НКВД-НГКБ СССР по Восточной Пруссии. Истоки зарождения управления уходят своими корнями, также, к управлению контрразведки "Смерш" 3-го Белорусского фронта и управлениям НКГБ центральных регионов СССР. Им предписывалось оказывать всемерную помощь и содействие командованию и войскам фронта в выполнении на территории Восточной Пруссии как контрразведывательных, так и разнообразных правоохранительных задач, вытекающих из решений глав правительств союзных государств о конечной цели войны с фашистской Германией. Таким образом, есть все основания утверждать, что УФСБ по Калининградской области это единственная территориальная структура отечественной Федеральной службы безопасности, рожденная в годы и на полях сражений 2-й Мировой войны.

В управлении аппарата уполномоченного НКВД СССР по Восточной Пруссии действовали оперативные, следственные и вспомогательные подразделения. Место дислокации до падения Кенигсберга город Гумбиннен (ныне Гусев). Их основными задачами являлось обеспечение безопасности стратегически важных объектов и учреждений тыла действующей армии и, в первую очередь, 3-го Белорусского фронта. Добыча информации о положении дел в тылу противника. Розыск и задержание военнослужащих и чиновников фашистской Германии, виновных в совершении преступлений против человечности, а также сотрудников и негласных агентов немецких карательных и разведывательных органов; Борьба со специально оставленными фашистами во фронтовом тылу Красной Армии диверсионно-террористическими подразделениями, а также с промышляющими вооруженным бандитизмом группами. Участие в осуществлении процедуры спецпроверки и быстрейшей отправки на Родину советских людей из числа бывших военнопленных и насильно вывезенных в годы оккупации на каторжные работы в Германию гражданских лиц.

В заслугах сотрудников оперативной группы МГБ по Кенигсбергской области немало громких операций. Это выявление и обезвреживание резиндентуры гестапо, прекращение деятельности антисоветской шпионской организации "Контрольно-наблюдательная служба по Восточной Пруссии". Кроме того, через агентурный аппарат выявлен и обезврежен целый ряд антисоветских групп. Одна из самых опасных в силу своей ярко выраженной диверсионно-террористической направленности была группа некого 3. Бухгольца, состоявшая из активных членов фашистских молодежных организаций «Юнгофольк» и «Гитлерюнгенд».

В настоящее время Управление ФСБ России по Калининградской области приоритетное внимание уделяет защите конституционного строя и борьбе с терроризмом. Совместно с субъектами оперативно-розыскной деятельности региона проводится комплекс мероприятий, позволяющий обеспечивать безопасность населения Янтарного края, подготовки и проведения международных мероприятий, общественно-политических и праздничных форумов с участием руководства страны, глав иностранных государств и правительств. Реализуется комплекс мер по вскрытию и локализации проявлений коррупции в органах власти и правоохранительной системы.