В связи с реорганизацией районных администраций города Калининграда, проведенной на основании решения окружного Совета депутатов города Калининграда, приказом Генерального прокурора Российской Федерации от 9 ноября 2009 года «О внесении изменений в структуру и штатное расписание прокуратуры Калининградской области» с 11 января 2010 года ликвидируются прокуратуры Балтийского и Октябрьского районов города Калининграда.
Прокуратуры Московского и Центрального районов города Калининграда, штатная численность которых увеличится, будут осуществлять надзорные полномочия во вновь установленных границах этих административных районов.
Кроме того, в целях усиления надзора в области охраны окружающей среды на территории Калининградской области указанным выше приказом Генерального прокурора Российской Федерации с 11 января 2010 года создана Калининградская межрайонная природоохранная прокуратура (с дислокацией в городе Калининграде).