Сергей Беляев родился 20 ноября 1971 года в Казахстане.

Окончил Кыргызский государственный институт физической культуры, в 1998 году - Российскую таможенную академию по специальности «таможенное дело».

Начал службу в таможенных органах в 1993 году в должности старшего инспектора Тольяттинской таможни.

С 2013 по 2016 годы был начальником таможенного поста АвтоВАЗ Самарской таможни.

С 2016 по 2018 годы Сергей Беляев был заместителем начальника Нижегородской таможни по экономической деятельности.

В 2018 году был назначен на должность первого заместителя начальника Приволжской электронной таможни.

С 5 июня 2020 года в соответствии с приказом ФТС России от 3 июня 2020 года № 1419-К назначен на должность начальника Центральной электронной таможни Центрального таможенного управления.

С 20 мая по 19 августа 2024 года назначен исполняющим обязанности начальника Калининградской областной таможни.