Сергей Липилин родился в городе Нижнеудинске Иркутской области, окончил Тихоокеанское высшее военно-морское училище, начал офицерскую карьеру с должности командира группы управления минно-торпедной боевой части сторожевого корабля «Ретивый» на Тихоокеанском флоте. Липилин командовал эскадренными миноносцами «Безбоязненный», «Быстрый», а также гвардейским ракетным крейсером «Варяг». С 2008 по 2009 он руководил 36-й дивизией ракетных кораблей Тихоокеанского флота, затем проходил службу на Черноморском флоте. В 2012 году закончил Военную академию Генерального штаба ВС РФ. В 2014 году был назначен командующим войсками и силами на Северо-Востоке России. С 2018 по 2021 год Сергей Липилин занимал пост заместителя командующего Черноморским флотом. Награжден медалью ордена «За заслуги перед Отечеством» II степени и другими наградами.