В Военном следственном управлении Следственного комитета России по Балтийскому флоту расследуется уголовное дело в отношении экс-гендиректора компании «СПб Кулинария» Виталия Филиппенко (его на посту гендиректора в мае 2016 года сменил Сергей Каляев) и группы военнослужащих Балтфлота, по версии следствия, совершавших хищения денежных средств, предназначенных для оплаты питания на Балтфлоте. Об этом говорится в официальном ответе следственного комитета на запрос одного из поставщиков продуктов военных частей в Калининградской области, перед которым у «СПб Кулинарии» возник значительный долг.

Также следственный комитет попросил поставщиков «СПб Кулинарии» предоставить данные по поставкам продуктов и взаиморасчетам с «СПб Кулинарией» в 2014–2015 годах в связи с проведением по уголовному делу «комплексных финансово-экономических экспертиз».