В 2013 году областное правительство увеличило государственную гарантию для фонда Бориса Бабаянца с 1,35 до 2 млрд руб. При этом, как сообщили RUGRAD.EU в Министерстве финансов Калининградской области, фактически увеличение госгарантии не производилось. Как она была 2 млрд руб., так и осталась. Однако ее продление на срок до февраля 2017 года (в предыдущей редакции постановления регионального правительства срок государственной гарантии истекал в конце 2013 года) позволяет фонду нарастить долг с действующих 1,35 млрд руб. до 2 млрд руб.

В 2015 году на тот момент губернатор Николай Цуканов внес в Облдуму проект бюджета на 2016 год. В нем предусматривалось списание задолженности некоммерческой организации «Фонд жилищного и социального строительства Калининградской области» перед областным бюджетом по начисленным и непогашенным обязательствам, связанным с платой за предоставление государственной гарантии Калининградской области № IV-07-0309 от 13 сентября 2007 года.

В 2016 году Контрольно-счетная палата Калининградской области, проанализировав исполнение областного бюджета в прошлом году, пришла к выводу о том, Минфин завышает объём обеспечения по гарантиям фонду Бабаянца на 618 млн руб. Размер реального обеспечения по гарантиям Фонда жилищного и социального строительства Калининградской области, подконтрольного Борису Бабаянцу, меньше суммы областных гарантий по кредитам фонда. Если в данный момент гарантия областного правительства по кредитам, полученным в «Банке Москвы», составляет 1,68 млрд руб., то стоимость залога оценивается в 1,38 млрд руб. Таким образом, залог ощутимо ниже размера гарантий. При этом, отмечают аудиторы, областной Минфин не фиксирует снижения стоимости залога по сравнению с размером гарантий. Он считает, что стоимость залога составляет 2 млрд руб., что больше оценки КСП на 618 млн руб.