В 2011 году Войтюк занял должность руководителя отдела особых экономических зон областного министерства промышленности. Затем он стал начальником управления инвестиций министерства экономики регионального правительства, а в прошлом году стал известно, что он назначен исполнительным директором Корпорации развития Калининградской области.

С 2004 по 2011 год Валерий Войтюк работал исполнительным директором консалтинговой фирмы «Европейский стандарт», гендиректором инвестиционно-строительной компании «Империя 777», начальником отдела перспективного развития и инвестиционной политики администрации Светлогорского городского округа, директором по экономике ОАО НПО «Рыбтехцентр», а также учредил компанию «Феррум-Строй».