С 1 апреля 2016 года в Калининградской области заканчивается действие переходного режима закона об ОЭЗ в Калининградской области. С этого момента с товаров, произведённых в Калининградской области, при их продаже на остальную территорию будут взиматься таможенная пошлина и НДС. При этом возникала опасность того, что калининградские компании, продающие свою продукцию на остальную территорию России, заплатят повышенный налог на НДС. При вывозе товаров из области его могли начислять не только непосредственно на стоимость товара, но и на НДС, ранее включенный в цену контракта.

Ранее министр экономики области Анастасия Кузнецова заявляла, что калининградские компании на упрощённой системе налогообложения, которые в силу налогового законодательства не должны отчислять НДС, при продаже продукции в Россию будут платить таможенные пошлины и НДС. «Это гораздо большая проблема, чем уплата пошлины с 1 апреля 2016 года. Таможенный НДС действительно появится, и все те, кто не может сделать зачёт НДС и работает по упрощённой системе налогообложения, получат дополнительный расход. Так оно и есть», — сказала Кузнецова.