Основной причиной расформирования контрольно-счётной комиссии городского совета во главе с Ириной Можей и лишения поста руководителя бюджетной комиссии депутата Ербола Тергубаева стала масштабная проверка деятельности муниципального предприятия «Калининград-ГорТранс», которое возглавляет Анатолий Мухомор, супруг замглавы Калининграда Светланы Мухомор, правой руки главы города Александра Ярошука. Такую точку зрения озвучил региональный центр «Трансперенси Инернешнл – Россия», опубликовавший текст проверки на 174 страницах.

«Скандальный отчёт "провисел" [в 2014 году] на сайте горсовета Калининграда три дня и был благополучно спрятан в сейф, чтобы скрыть результаты проверки и выгородить "семейную династию" Мухомор», — отмечает руководитель центра «ТИ–Р» Илья Шуманов.

Как говорится в акте проверки, Анатолий Мухомор начислял себе и своим сотрудникам надбавки за особые условия труда без необходимого на то постановления администрации Калининграда. Так, например, оклад Анатолия Мухомора составляет 34,5 тыс. руб. в месяц, по факту он приносил в домашний бюджет в среднем по 110 тыс. руб. «Прибавку к зарплате обеспечивала супруга: по распоряжению администрации Калининграда директор «Калининград-ГорТранса» получал ежемесячную премию, надбавки за особые условия труда и единовременные вознаграждения. Для сравнения: уровень зарплаты Анатолия Мухомора примерно соответствует уровню зарплаты министра правительства Калининградской области и выше, чем у председателя комитета мэрии Калининграда. 
С таким уровнем зарплат семья Мухомор, видимо, не раз оказывалась в бедственном положении и просила в дополнение к зарплате материальную помощь: в июле 2012 года бюджет города ''помог'' Анатолию Мухомору на 103,3 тыс. руб», — отмечают в «ТИ–Р».

В акте проверки особое внимание обращается на эпизод с сауной. В 2012 году Анатолий Мухомор распорядился купить в трамвайное депо сауну, списав средства по статье «на обслуживание и ремонт трамваев» — 228,3 тыс. руб. из субсидий, которые ему выдала из городского бюджета на покрытие убыточности предприятия. «Вместо трамваев в сауне обслуживается все руководство "Калининград-ГорТранса". По мнению КСК, релаксация в сауне не является "мероприятием по охране здоровья и организации отдыха сотрудников", без которого трамваи, автобусы и троллейбусы не смогут перевозить пассажиров, как пытался объяснить Мухомор», — комментируют антикоррупционеры.

Более чем странными выглядят отношения Анатолия Мухомора с частными предприятиями, базирующимися на базе МУПа. Предприятие толком не учитывало объём воды и электроэнергии, которыми пользовалась мойка «Ниагара Плюс» Карена Товмасяна, также не учитывался и объём услуг, реально оказанных мойкой предприятию. «Анатолий Мухомор "помог" стартапу тем, что не брал с компании Товмасяна арендную плату (КСК так и не удалось обнаружить соответствующего договора) и позволял ему бесплатно пользоваться казённым электричеством и водой, оплачивая их за счёт бюджета. Отношения "Калининград-ГорТранса" и "Ниагары Плюс" были столь непринужденными и доверительными, что они даже не указывали в документах точный объём выполненных работ [по помывке автобусов]. В результате Анатолий Мухомор ничем не смог подтвердить выплату "Ниагаре плюс" 3,1 млн руб.», — говорит Илья Шуманов.

Также контрольно-счётная комиссии обнаружила свободное отношение к корпоративной связи на предприятии. Предприятие содержало 317 мобильных номеров, из них только у 30 были установлены лимиты, остальные могли свободно общаться за счёт субсидий из бюджета. При этом ревизоры обнаружили «мёртвые души»: 92 мобильных номера принадлежали никому не известным людям. Что касается Анатолия Мухомора, то в его распоряжении находилось сразу три мобильных номера — только по одному из них в 2012 году директор наговорил на 40,4 тыс. руб.

Кроме того, аудиторы подвергли критике и излишнюю расточительность менеджмента предприятия при нахождении в командировках. «Бессмысленно говорить об эффективности муниципального предприятия, когда только один начальник трамвайного депо летает в командировки бизнес-классом. Только за 3 месяца 2012 года начальник депо "Калининград-ГорТранса" налетал бизнес-классом на 105,2 руб. Кроме того, директор предприятия и его сотрудники массово превышали в командировках установленные лимиты, заказывая себе различные услуги не по средствам, при условии, что их муниципальное предприятие — планово-убыточное и требующее от городского бюджета постоянных субсидий. 
Спасибо супругам Мухомор, что наши налоги идут на комфорт начальника транспортного депо!» — комментирует Илья Шуманов.

По итогам пятилетнего нахождения на посту господину Мухомору не удалось создать единую диспетчерскую службу для учёта выхода транспорта на линию. Контроль и учёт за выходом транспорта осуществлял некий специалист, который докладывал лично директору Анатолию Мухомору и в мэрию Калининграда. Следовательно, определить достоверность отчётных данных предприятия, а также количество перевезённых пассажиров, не представляется возможным, делает вывод КСК.

Как выяснилось в результате проверки, власти Калининграда создали на территории «Калининград-ГорТранса» временное хранилище для немецкой брусчатки, которая активно снимается с улиц Калининграда. Вопреки своим обязательствам, предприятие не вело учёт поступающей брусчатки, что могло привести к её массовому расхищению. Ревизоры выявили несоответствие между данными о поступления немецкой брусчатки и бухгалтерским учётом «Калининград-ГорТранса». Только по данным официальных отчётов, предприятие недосчиталось 40,87 тонн брусчатки, а также 10 тонн гранитного бордюра, рельс и шпал.

Кроме того, предприятие платило значительные штрафы за несвоевременную уплату налогов. За два года только в качестве санкций за несвоевременную уплату налогов предприятие выплатило 7 млн руб.

В «ТИ–Р» особо обращают внимание на то, что «Калининград-ГорТранс» масштабно субсидировался из городского бюджета. Только в 2011–2013 годах из городского бюджета предприятию было выделено 828 млн руб.

В итоге размер субсидии из городского бюджета в пересчёте на один проданный билет в муниципальном транспорте составил 24 руб. Вместе с ценой билета, которую они оплачивали напрямую из своего кармана, стоимость проезда для горожан составляла 42 руб., или в 2,3 раза больше, чем берут с горожан частные перевозчики.