Рост сбора налогов на территории Калининградской области носит довольно специфический характер. Общий объем собираемых налогов растет значительно, при этом рост поступлений в областной бюджет крайне невысок, а бюджеты муниципальных образований региона и вовсе беднеют. К таким выводам пришли инспектор Контрольно-счетной палаты Калининградской области Мурат Гузеев и председатель палаты Леонид Сергеев в своей статье «Результаты и проблемы социально-экономического развития Калининградской области», опубликованной в профильном научном журнале Балтийского института экономики и финансов. По их данным, в 2011 году организации, расположенные на территории области, в бюджетную систему Российской Федерации перечислили 91,2 млрд руб., что на 35,4% больше, чем в 2010 году. При этом перечисления областных предприятий в федеральный бюджет выросли в прошлом году на 52,7%, а в государственные внебюджетные фонды (пенсионный и соцстрах) - на 68,5%. Однако рост налоговых поступлений в бюджет Калининградской области составил всего 5,8%, а зачисления в местные бюджеты вообще снизились на 4,6%.

В результате доля налогов, собираемых на территории области и растворяющихся в федеральном бюджете, достигла 45,5% против 40,3% по итогам 2010 года, доля поступлений в областной бюджет упала с 25,0 до 19,56% и в местные бюджеты - с 13,8 до 9,8%.

«Это означает, что основная часть налогов, сборов и иных платежей на территории Калининградской области направляется в доход федерального бюджета и государственные внебюджетные фонды, удельный вес которых повышается, а областного и местных бюджетов, при сравнительно небольшом росте поступлений в областной бюджет, снижается. Высокий рост перечислений в федеральный бюджет в основном обусловлен увеличением поступлений налога на добавленную стоимость, удельный вес которого в общей сумме налоговых средств, перечисляемых в доход федерального бюджета, на территории Калининградской области является доминирующим (77%), тогда как в общем объеме налоговых средств, перечисляемых в доход консолидированного бюджета области, доминируют налог на доходы физических лиц (41,5%) и налог на прибыль (21,8%), объем и динамика роста которых существенно меньше НДС», - отмечают экономисты.