По данным RUGRAD.EU, суммарный объем налоговых льгот, предоставленных компаниям, имеющим статус резидента ОЭЗ, в 2010 году составил 2,6 млрд руб., а размер налоговых платежей в бюджеты всех уровней — 2,5 млрд руб.  В качестве льгот резиденты получили освобождение от уплаты налога на прибыль в размере порядка 1,9 млрд руб., и от налога на имущество - в размере около 700 млн руб.

В то же время основная масса уплаченных резидентами налогов была перечислена в федеральный бюджет — 2,3 млрд руб. Региональный бюджет от их деятельности получил всего 135 млн руб., а местные бюджеты - порядка 13 млн руб.

Между тем стоит отметить, что льготы, предоставляемые резидентам ОЭЗ, практически не отражаются на доходах федерального бюджета: налог на имущество организаций полностью зачисляется в региональный бюджет, а доля зачисления налога на прибыль в федеральный бюджет составляет всего 10% от суммы собранных налоговых платежей, остальное должно перечисляться в региональный бюджет.

По мнению экспертов, опрошенных RUGRAD.EU, причиной того, что институт резидентства в данный момент работает «в минус», является сложная структура бизнес-контуров калининградских компаний. «Суть в том, что наиболее крупные резиденты ОЭЗ, которые находятся в списке регионального минпрома, как бы это ни преподносили чиновники, не являются самостоятельными компаниями. Они входят в один бизнес-контур с предприятиями, которые существовали до начала работы в 2006 году нового закона об ОЭЗ, который вводил термин «резидента» и давал право на получение налоговых льгот. Параллельно эти же компании используют льготы таможенные, предусмотренные переходным периодом 2016 года. По духу закона об ОЭЗ в Калининградской области так делать нельзя, но многие поступают именно так. Если говорить о размере льгот, то важным является вопрос о том, откуда резиденты получили столько прибыли, чтобы от нее можно было освободится? Как правило, она образуется следующим образом: сборочная компания или перерабатывающая импортное сырье компания создает производственный комплекс и регистрирует его как самостоятельного резидента. Затем арендует у этого резидента данное производственное оборудование. Причем чем выше цена аренды — тем лучше, так как компания-сборщик, не имеющая налоговых льгот, увеличивает свои расходы и сокращает налогооблагаемую базу. В результате вся прибыль через арендные платежи концентрируется на предприятии-резиденте, которое от налогов на прибыль и имущество освобождено на первые 6 лет своей деятельности и будет уплачивать лишь половину налоговых отчислений в течение последующих 6 лет (итого 12 лет льготного налогообложения). Примерно так и выглядит схема оптимизации налогообложения, которую дает возможность создать институт резидентства. При этом важно отметить, что когда в 2016 году будут отменены таможенные льготы, существование заводов, которые просто сдают свое имущество в аренду компаниям-сборщикам, станет бессмысленным, и заявления властей о том, что предоставление льгот резидентам дается «на то, чтобы они встали на ноги», никогда не осуществятся», - на условиях анонимности рассказывает один из калининградских экономистов .

«Ситуация пока нехорошая для региональной экономики. Мы получаем от резидентов менее 200 млн руб. налогов и при этом идут огромные выпадающие доходы, - соглашается чиновник регионального правительства. - Однако в 2012 году начнут платить часть налогов первые резиденты, зарегистрированные в 2006 году».

Впрочем, некоторые эксперты не считают ситуацию такой уж однозначной. «Говоря о построении сложных бизнес-контуров, которые используют калининградские компании, нельзя забывать, что чтобы стать резидентом, нужно вложить значительные средства в производственные мощности - 150 млн руб. Да, возможно, эти вложения делались с целью увеличения мощности «прокачки импорта» через Калининградскую область до 2016 года, но они были сделаны именно под гарантии того, что им дадут использовать схемы налоговой оптимизации с использованием льгот резидентов ОЭЗ. Если бы власти в свое время это гласно или негласно запретили, этих инвестиций могло и не быть. Другой вопрос, когда данные компании начинают говорить о своих издержках и просят дополнительные послабления. Как правило, они заявляют о своих огромных расходах на одной компании и не показывают обороты по резиденту. Обороты резидентов знают только в министерстве промышленности, но кто же вам о них расскажет — это «коммерческая тайна», - резюмирует один из экспертов, опрошенных RUGRAD.EU.

Кроме того, отдельными специалистами высказывается мнение, что возможность аккумулирования дополнительной прибыли за счет применения двух параллельных льготных режимов дает компаниям гипотетическую возможность увеличивать зарплаты, и как следствие, налоговые отчисления в местные бюджеты.