Управление по технологическому и экологическому надзору Ростехнадзора по Калининградской области еще в 2008 году обратилось в Арбитражный суд Калининградской области с иском к «Управляющей компании Балтийского района» о взыскании задолженности в размере 50,47 млн руб. по платежам за негативное воздействие на окружающую среду за второе полугодие 2007 года и первое полугодие 2008 года. Аналогичный иск за период с 4 квартала 2005 года по первое полугодие 2008 на сумму 98,2 млн руб. был направлен к «Управляющей компании Ленинградского района». По обоим делам в качестве субсидиарного ответчика была привлечена администрация Калининграда.

В марте 2009 года дела были приостановлены и возобновились только в декабре прошлого года. Заявитель несколько раз прошел реорганизацию, теперь это управление Росприроднадора по Калининградской области.

Арбитражный суд отказал в удовлетворении исковых требований, сославшись на то, что деятельность по размещению отходов носит специализированный характер и осуществляется в специально оборудованных местах. При этом из материалов дела не следует, что ответчики занималось размещением отходов в смысле, придаваемом этой деятельности нормами закона.