Постановлением Правительства РФ от 25 февраля 2011 года Андрей Клемешев назначен ректором Балтийского федерального университета (БФУ) им. И. Канта. Как сообщает пресс-служба БФУ, Андрей Клемешев назначен на свою должность на 5-летний срок.

Президент РФ Дмитрий Медведев подписал указ «О создании Балтийского федерального университета имени Иммануила Канта» 13 октября 2010 года. Программа развития нового учебного заведения должна быть одобрена в течение 6 месяцев, в ней необходимо предусмотреть присоединение других государственных высших учебных заведений, научных организаций и региональных отделений академий наук.

Основной интригой создания БФУ был вопрос присоединения к нему КГТУ и БГА. В начале декабря на совместной пресс-конференции главы Росрыболовства Андрей Крайний, губернатора Калининградской области Николай Цуканов, а также ректоров РГУ и БГА Андрея Клемешева и Владимира Волкогона было оговорено, что система образования в области должна быть «двухкомпонентной». В регионе будет образован как федеральный университет, так и отраслевой вуз, который займётся подготовкой специалистов рыбной отрасли. Образование отраслевого вуза будет произведено путём объединения БГА и КГТУ, которое произойдет в 2011-2012 годах. Объединение учебных отраслевых учебных заведений будет происходить на базе КГТУ.