Летом 2008 года в адрес УФАС России по Калининградской области поступило обращение «Ассоциации морских агентов Санкт-Петербурга» на действия ФГУП «Калининградский морской рыбный порт», ОАО «Калининградский морской торговый порт» и ООО «Балтийская Стивидорная Компания» по необоснованному согласованному увеличению в три раза в течение марта-апреля 2008 года тарифа на оказание услуг по проведению швартовных операций. В частности, рыбный порт требовал за швартовные услуги 1 руб. за тонну валовой вместимости. УФАС своим решением, вынесенным в ноябре 2009 года, признала необоснованным данный размер тарифа. По версии сотрудников службы, тариф превысил сумму допустимых издержек и прибыли.
В результате ФАС было принято решение оштрафовать «Калининградский морской рыбный порт» на 204,2 тыс. руб., что составило 3% от выручки порта за оказание услуг по швартованию судов. Суммарная выручка порта от оказания всех видов услуг составила 640,9 млн руб.