Национальный парк на Балтийской косе мог появиться еще в 2020 году, его создание было более чем целесообразно и обосновано, однако против этого выступило Министерство обороны РФ. Соответствующая информация содержится в ответе Минприроды РФ на запрос руководителя проекта «Околоэкологии» Владислава Калашникова.

Региональное министерство природных ресурсов и экологии действительно запрашивало у ФГБУ «Всероссийский научно-исследовательский институт охраны окружающей среды» («ВНИИ Экология»), которое является структурой Минприроды РФ, информацию о природоохранной ценности Балтийской косы относительно возможности создания на этой территории национального парка. Этот НИИ является ведущим в стране по вопросам охраны окружающей среды, обеспечения экологической безопасности, рационального природопользования, сохранения биоразнообразия и заповедного дела.

В 2020 году в связи с предложением правительства Калининградской области ФГБУ «ВНИИ Экология» была проведена проработка альтернативного варианта создания национального парка на основе Балтийской косы. Однако по итогам проработки с учетом позиции Минобороны РФ была отмечена нецелесообразность реализации этого предложения. Кроме того, Балткоса согласно приказу ФСБ от 2 июня 2006 года № 238 относится к пограничной зоне.

На основании вышеизложенного в Минприроды РФ сделали вывод о нецелесообразности создания национального парка на территории Балтийской косы.

В то же время в ФГБУ «ВНИИ Экология» отметили, что на территории Балткосы целесообразно и необходимо создание комплексного ландшафтного заказника регионального значения. Однако принятие решения о придании территории статуса ООПТ находится в исключительной компетенции органов государственной власти субъектов РФ, также предусмотрено согласование такого решения о создании ООПТ регионального значения с Минприроды РФ.

Организацию в регионе национального парка на Балтийской косе вместо нацпарка «Виштынецкий» в 2023 году активно лоббировал сенатор Александр Шендерюк-Жидков. В июне 2023 года сенатор обратился к вице-премьеру Виктории Абрамченко с инициативой о создании нового нацпарка на территории Балтийской косы «с целью снижения антропогенного влияния» из-за судоходного канала, построенного Польшей. Однако федеральное Минприроды данную инициативу не поддержало. Более того, член Совета Федерации получил ответ от министра Александра Козлова о «нецелесообразности» организации нацпарка на косе, причем министр в ответе сенатору сослался на официальное заключение ФГБУ «ВНИИ Экология». Однако, как сейчас следует из ответа Минприроды РФ, заключение о необходимости создания нацпарка на Балтийской косе в целом было положительным, если не учитывать резолюции Минобороны РФ и ФСБ.

Повторное обращение сенатора Шендерюка-Жидкова в правительство РФ на имя вице-премьера Виктории Абрамченко в конце 2023 года результата не принесло.

В настоящее время проект «Околоэкологии» направил в региональное министерство природных ресурсов и экологии на имя министра Оксаны Астаховой общественную инициативу о создании ООПТ регионального значения на Балтийской косе, поскольку сейчас в связи с ростом турпотока на этой территории, очевидно, требуется скорейшее ограничение антропогенной нагрузки и принятие мер защиты природного ландшафта. Особенно в свете возможного увеличения объемов жилой застройки. Растущий неконтролируемый поток диких туристов на Балткосу со всей страны является причиной увеличения стихийных свалок, всё большей вырубки зеленых насаждений ради костров и иной хозяйственной деятельности, причиной пожаров в жаркое время года, загрязнения пляжей, разрушения хрупких природных ландшафтов под воздействием автомобильной техники, выезжающей в водоохранные зоны, и т. д.

Помимо этого, требуются комплексные работы по контролю за движением песков и предотвращение засыпания песком Калининградского залива. Авандюна Балткосы, созданная трудом многих людей, утрачена на многих участках, появились катастрофические котловины выдувания. На северной оконечности несмотря на берегоукрепление продолжается активный процесс береговой эрозии. Часть уникального природного ландшафта, очевидно, безвозвратно утрачена за последние 20 лет бесхозяйствования, а туристическая нагрузка тем временем выросла в десятки раз.

Также на Балткосе общественниками и экологами ежегодно фиксируются нарушения Земельного, Лесного, Водного кодекса, а также различные нарушения природоохранного законодательства. В частности, по информации экологов, в защитных лесах Балткосы переданы в частную собственность участки в СНТ «Восток» на берегу залива. Кроме того, областная прокуратура оспаривает в Арбитражном суде Калининградской области договор с ИП Игорем Новиковым на размещение туристско-рекреационного нестационарного комплекса на Балткосе и применении последствий недействительности сделки, заключенной в нарушений норм Лесного кодекса РФ.