Региональное бизнес-сообщество изначально негативно высказывалось о перспективах переподчинения Калининградской областной таможни Северо-Западному таможенному управлению. «Для каждого здесь присутствующего предпринимателя это решение, которое напрямую на него повлияет. Это решение принято без любой консультации с представителями бизнеса. По большому счету нам довели, мы взяли сейчас под козырек и сказали: "Ок, это будет". Как это повлияет? Мы сегодня даже не представляем», — комментировал ситуацию президент регионального отделения Союза промышленников и предпринимателей Андрей Романов. 

Калининградские бизнес-объединения планировали направить соответствующие обращения премьер-министру РФ Михаилу Мишустину, чтобы сохранить подчинение областной таможни непосредственно ФТС. «Нам не нужны очередные вызовы и эксперименты. Просим оставить как есть, подчинением на ФТС России и без всяких оптимизаций», — комментировал ситуацию Сергей Лютаревич.

Врио уполномоченного по защите прав предпринимателей Олеся Белая отмечала, решение о переподчинении областной таможни приведет в том числе к ликвидации акцизного таможенного поста. Калининградская область лишится возможности участия в эксперименте по маркировке импортного алкоголя, который ввозится на территорию РФ. При этом на совещании с представителями таможни шла речь о том, что в рамках административной реформы таможенные посты закрываться не будут. 

Сенатор от Калининградской области Александр Шендерюк-Жидков характеризовал решение о переподчинении как «поспешное и нежелательное» в текущей ситуации санкционного давления в целом на РФ и особыми сложностями, которые создаются недружественными странами. «Для нормального ведения бизнеса в Калининградской области все-таки было бы правильно оставить Калининградскую областную таможню в прямом подчинении руководителей ФТС России», — комментировал он.