Калининградскую областную таможню возглавил Владимир Зябко. Как сообщает ФТС РФ, Зябко назначен и. о. руководителя. До своего назначения он возглавлял Тюменскую таможню, ранее работал первым заместителем начальника Уральской электронной таможни, в органах ФТС — с 2001 года. 

Предыдущий руководитель Калининградской областной таможни генерал-майор Сергей Беляев уволился в августе 2024 года. Исполняющим обязанности начальника Калининградской областной таможни стал Денис Мосолов, который занимает должность первого заместителя. Причем Беляев возглавлял таможню около 3 месяцев. 

В марте 2024 года сообщалось, что областную таможню возглавил полковник Дмитрий Макаров. Планировалось, что с 19 марта по 18 июня 2024 года полковник таможенной службы Дмитрий Макаров будет занимать должность исполняющего обязанности начальника таможенного органа. Однако в мае он ушел с данной должности. 

Предыдущий начальник Калининградской областной таможни генерал-майор таможенной службы Сергей Абросимов ушел в отставку в марте 2024 года, уволившись по выслуге лет. В Калининграде он проработал 6 лет. И. о. начальника таможни тогда был назначен заместитель Абросимова, полковник таможенной службы Денис Мосолов.