В законопроекте о федеральном бюджете на 2021 год и на плановый период 2022 и 2023 годов не прописано финансирование подпрограммы «Обеспечение реализации мероприятий, имеющих приоритетное значение для развития экономики и социальной сферы Калининградской области». В графе, определяющей объем бюджетных ассигнований, стоят нули на следующий год, на 2022 и 2023. Данные мероприятия являются составной частью госпрограммы «Социально-экономическое развитие Калининградской области». В нее также входит подпрограмма «Создание условий для устойчивого социально-экономического развития» региона. В рамках этих мероприятий, в частности, получают субсидии резиденты Калининградской особой экономической зоны. В 2021 году на эти цели планируется выделить более 55 млрд руб., в 2022 году — уже более 63 млрд руб.

В апреле 2020 года президент Российской Федерации Владимир Путин и губернатор Калининградской области Антон Алиханов обсуждали ускорение финансирования некоторых составных блоков госпрограммы социально-экономического развития региона. Алиханов давал понять, что область готова к реализации подпрограммы с 2021 года, но Владимир Путин, отмечал, что из-за коронавирусной инфекции финансирование вряд ли удастся сдвинуть на более ранние сроки. «Но с 2022-го, конечно, она, как и предусмотрено, должна быть отфинансирована», — заявлял президент. 

На реализацию подпрограммы «Обеспечение реализации мероприятий, имеющих приоритетное значение для развития экономики и социальной сферы Калининградской области» с 2022 по 2025 годы планировалось выделить  из федерального бюджета более 38 млрд руб.