Губернатор Антон Алиханов прокомментировал новые выводы экспертного сообщества «Диссернет» о количестве заимствований в его диссертации на соискание степени кандидата экономических наук, защищенной в 2012 году. По мнению губернатора, часть материалов, которые были определены как источники, из которых была скопирована информация, содержат материалы его собственных статей, первоначально опубликованных в рамках подготовки к защите диссертации. 

«Хочу поблагодарить "Диссернет" за проявленное внимание, они занимаются хорошим делом — борьбой за чистоту науки. Если говорить о частностях, то там идет ссылка на некую дипломную работу без выходных данных. Ни автора, ни места защиты, ни даты. Мы посмотрели мельком после появления публикации. Там [в этой работе] есть переписанные куски моих преддиссертационных статей еще аж 2009 года. Что это за текст, как можно на него ссылаться? То есть куски из моих статей есть в дипломной работе, которую "Диссернет" считает плагиатом. Чья это работа — непонятно», — прокомментировал Антон Алиханов. Он отметил, что еще раз подробно изучит этот вопрос. 

В 2017 году журналисты RUGRAD.EU, ознакомившись с текстом диссертации Антона Алиханова, обнаружили там несколько подозрительных моментов. Позже губернатор обратился в Высшую аттестационную комиссию (ВАК) при Министерстве образования и науки РФ. Накануне региональные СМИ, ссылаясь на выводы сообщества «Диссернет», вновь назвали научную работу Алиханова «нечестной». Активист Андрей Заякин в разговоре с порталом «Новый Калининград» отметил, что сообщество будет инициировать процедуру лишения Алиханова ученой степени.

«Что касается самой защиты, я помню сколько это стоило нервов: и сама защита, и подготовка к ней, и написание, — на все вопросы диссертационного совета я ответил. Это было достаточно сложно», — прокомментировал Антон Алиханов 4 февраля в беседе с журналистами.

Губернатор добавил, что не исключает продолжения научной работы и пишет «новую работу по контрольно-надзорной деятельности». Антон Алиханов предположил, что первые новые публикации его авторства, в том числе и в «ваковских изданиях», появятся весной 2020 года. 

Антон Алиханов защищал диссертацию по теме «Управление издержками на развитие организационной культуры компании» по специальности «Экономика и управление народным хозяйством». Защита проходила во Всероссийском экономическом университете им. Плеханова.