В январе этого года стало известно о возбуждении уголовного дела в отношении Алексея Хряпченко следственным отделом ФСБ. 

В январе 2019 года Ленинградский районный суд взыскал с директора ЕСОО Алексея Хряпченко 2,4 млн руб. неосновательного обогащения. В суд на своего руководителя подало само предприятие ЕСОО. Оно указало, что Хряпченко с февраля по декабрь 2017 года незаконно включал себя в список работников, подлежащих премированию, сам себе установил надбавки за выслугу лет и разъездной характер работы, а также персональную повышающую надбавку в размере оклада за 2017 год. Как отметили в правительстве региона, по причине того, что решения о премировании директора ЕСОО принимаются агентством по имуществу, Алексей Хряпченко злоупотребил своими полномочиями. Ему предложили возместить сумму ущерба, однако руководитель предприятия от этого отказался, настаивая на том, что учредители были в курсе и не возражали против выплат. Решение суда первой инстанции подтвердил Калининградский областной суд.

Государственному предприятию Калининградской области «Единая система обращения с отходами» (ЕСОО) не удалось обжаловать решение Арбитражного суда Калининградской области. ЕСОО пыталось оспорить действия Министерства регионального контроля (надзора) Калининградской области по проведению проверки финансово-хозяйственной деятельности с 2016 по 2017 год, приказы министерства о проведении этой проверки, а также сам акт проверки от 2 июля 2018 года. Тринадцатый арбитражный апелляционный суд Санкт-Петербурга отказал в удовлетворении апелляционной жалобы.  

Проверка министерства контроля показала, что средняя заработная плата директора ЕСОО Алексея Хряпченко в 2017 году составляла  312 тыс. руб. в месяц. Административно-производственный персонал получал около 150 тыс. руб., рабочие — около 62 тыс. руб. Такие зарплаты образовывались у сотрудников за счет различных дополнительных выплат и премий. Сами оклады были относительно небольшими.