Из устава Калининграда исключены положения, предусматривающие назначение первого заместителя и заместителей главы администрации муниципалитета путем их утверждения городским советом депутатов. С таким требованием выступил прокурор Калининграда.

Как установил надзорный орган, сложившийся порядок назначения заместителей главы города содержал коррупциогенный фактор и противоречил федеральному законодательству, ограничивая самостоятельность главы и необоснованно наделяя горсовет полномочиями нанимателя муниципальных служащих. По закону об общих принципах организации местного самоуправления, глава Калининграда должен управлять администрацией на принципах единоначалия, в том числе лично назначать и увольнять муниципальных служащих.

В настоящее время статус заместителя главы администрации Калининграда имеют Алла Апполонова (председатель комитета по социальной политике) и Наталья Дмитриева (председатель комитета экономики и финансов). Исполняют обязанности заместителей Игорь Билич (возглавляет комитет городского хозяйства), Евгений Чернышев (возглавляет комитет муниципального контроля), Анна Луконина (возглавляет комитет муниципального имущества и земельных ресурсов). Кроме того, в начале февраля 2019 года и. о. первого заместителя главы администрации областного центра был назначен бывший председатель совета Калининградской ТПП, экс-вице-премьер правительства региона Юрий Федяшов.