В сентябре 2017 года сообщалось о несостоявшемся первом аукционе на право аренды форта. Тогда же стало известно о том, что в конкурсную документацию были внесены изменения: потенциального арендатора обязали «обеспечивать беспрепятственный доступ работников Музея Мирового океана к конной статуе императрицы Елизаветы Петровны» и предусмотрели, что изменить разрешенное использование земельного участка можно будет «только с согласия арендодателя». Повторный аукцион был объявлен в октябре.

После объявления первых торгов экс-губернатор и полномочный представитель президента РФ в СЗФО Николай Цуканов заявил, что форт был передан в областную собственность в обмен на землю со зданием на ул. Ватутина в Калининграде. Более того, он выступил против планов правительства по поиску для форта арендаторов. Однако, несмотря на позицию Цуканова, торги так и не были отменены.

Позднее заместитель полпреда президента РФ в СЗФО Михаил Ведерников высказался за то, чтобы правительство региона и Музей Мирового океана работали «в одном направлении» по вопросам благоустройства комплекса «Елизаветинский форт».

В 2015 году стало известно о конфликте между бывшим собственником форта — фондом «Елизаветинский» (в числе его учредителей был экс-глава Балтийска Федор Ярошевич) и Музеем Мирового океана. Камнем преткновения как раз стал памятник императрице Елизавете (музей является его балансодержателем). Из-за нарушений гидроизоляции форта разрушалась и статуя. Экспертам при этом отказывали в доступе в помещения форта. Областное правительство тогда видело решение проблемы в том, чтобы музей получил форт в свою собственность.